税務調査とは、憲法30条（注１）により税務当局（税務署や地方自治体）が、納税者の申告が税法にのっとって正しく処理されているかどうかを、税務職員が実地に臨場して行う確認行為です。 
 

【国税庁発表の調査選定】
納税者の質的要素を加味したうえ高額なものから優先的に、また悪質な脱漏所得者を有すると認められる者及び好況業種に属するものから優先的に行われます。
下記に該当する業種の法人は不正発見割合の高い法人や不正申告１件当たりの不正脱漏所得金額の大きな法人です。
他に比べ調査対象となる可能性が高い法人と考えられます。 
 

（１）	不正発見割合の高い10業種(小分類)
（２）	不正申告１件当たりの不正脱漏所得金額の大きな10業種(小分類)

「同時調査」とは、個人と法人の納税者を調査する際に、複数の税目の調査を行うことです。
つまり、税務署は消費税・源泉所得税・印紙税を同時調査し、事務の効率化を図っています。

取引の相手先等の調査を行い、調査先の資料と照合する調査です。
反面調査の対象者は、得意先・仕入先に限らず、金融機関・飲食店などにも調査することがあります。
しかし、反面調査は帳簿調査だけでの実態解明が困難な場合のみ、必要がある調査です。したがって会社で証憑書類等が適正に保存されていることが一番です。
実態解明が行なわれれば、反面調査を行われることはないわけですから、帳簿書類や証憑類の保管を自己防衛のために行うことが肝要です。

基本的には、法人税調査担当者が所得税調査を行うことはなく、また、個人課税調査担当者が法人税調査は行いません。
しかし、例外はあります。
次項の「総合調査」や国税局職員の調査は法人、所得を問わず調査を行います。

税務署には（総合調査担当）という部署があります。
そこは法人税・所得税・資産税を同時に総合的に調査できる権限を税務署において唯一有しているところです。