現行の税制において、福利厚生費は会社の営業経費であり、損金として取り扱われます。
しかし調査では下記の問題事項がよく指摘されます。 
 

法人が従業員のゴルフプレー代を負担する場合には、原則として従業員に対する給与所得となります。
ただし、そのプレーが法人の業務遂行上必要なものであると認められるときは、法人の交際費等となり、従業員の経済的利益はないものとされます。
したがって、例えば法人の役員の一部だけでプレーするケースや社長が法人の業務に関係のない友人とプレーするケース等については、役員報酬（賞与）となることに注意してください。

レジャークラブやリゾートクラブの会員権を法人で取得し、福利厚生の目的で従業員に使用させる場合がありますが、そのケースでは実態に注意しなければなりません。 
 

上記の要件を満たさなければ、役員賞与・給与所得として取り扱われることになります。

会社の従業員が資格所得のための講習を受講したり、社外の研修を受ける際に、会社がその費用の全部または一部を負担することがあります。
この場合、その資格や研修の内容が会社業務との関連性があり、かつ常識的な金額の範囲のものであれば法人の研修費となりますが、そうでない場合には、それらの従業員に対する経済的な利益の供与（給与所得）として取り扱われます。
主としてその区分は、次の点を基準に行われます。 
 

具体的に、例えば医療法人における看護師等、不動産業における宅建主任者の資格取得等のための専門学校の講義の受講費用、または監査法人等の業務社員が新会社法の研修会に参加する費用などは、上記要件を満たせば研修費として取り扱われることになると考えられます。

従業員個人の健康は、それぞれの個人の問題であり、それを維持するために行う健康診断の費用も、本来、従業員が負担すべきものであることから、会社がその費用を負担した場合には、給与課税の問題が生じます。
しかし、健康診断については労働安全衛生法第66条で「事業者は、労働者に対して、厚生労働省令で定めるところにより、医師による健康診断を行わなければならない」と定めており、一般的には最低年１回は実施する必要があり、その費用は会社が負担することになります。
つまり、基本的には福利厚生費となりますが、最近では脳ドックやＰＥＴ検査など専門的で高額なものもあるため、次の要件を満たすものに限って、給与課税を行わないこととしています。 
 

カフェテリアプランとは、アメリカにおいて福利厚生費の増加に対処する手段として開発されたものです。
その内容は、従来から行われている一律定型的な福利厚生の給付とは異なって、企業が複数の福利厚生メニューを従業員に提示し、従業員が一定の持ち点の範囲内でその中から必要なものを選択できる制度で、「選択型企業福利厚生制度」ともいわれています。 

現行法上、カフェテリアプランではさまざまな形の福利厚生行為が行われることから、それらをまとめて給与課税の可否を判断することはできないため、個々のメニューごとに判定するものとしています（各従業員が持ち点の範囲内で行うものであることから、従来の慰安費用で判定基準となっていた従業員間の公平性については、その範疇に含めて取り扱うということであろうと考えられます）。 

なお、カフェテリアプランのメニューの範囲は、個々の企業ごとに異なりますが、一般的には、住宅ローンの利子補給・借り上げ社宅・人間ドック補助・社内託児施設・医療保険補助・レジャー施設利用料補助などが実施されているケースが多いようです。 

また、今後カフェテリアプランが普及すると、従来の現物給与の判断基準である従業員の機会均等という基準で課税関係を律するのは現実になじまなくなる為、年間における各従業員の受ける経済的利益全体の妥当性を検討する方向で考えざるを得なくなると思われます。