財務省の下に国税庁があり、さらに、その下に国税局、税務署があります。
財務省では政府税制調査会（注１）で議論された税制の提言を参考に税法改正（案）の作成を行ないます。
国会で立法された法案は、国税庁が国税局と税務署に執行させ、取りまとめを行なっています。
国税庁の傘下にある国税局や税務署は、国の税金を集める仕事だけでなく、税金に関する相談に応じたり、適正な申告と納税がなされているかを調査する業務を行なっています。 
 

【国税の機構】

法人の所在地を所轄する税務署で通常は調査を行います。
しかし、一定規模以上の法人は国税局で調査を行います。 
 

【調査の種類】

査察調査は所轄の税務署ではなく、国税局の担当部署である査察部の査察官によって行なわれます。査察調査は大口・悪質の脱税者を対象として調査します。
犯則事件、すなわち脱税の疑いがある時は、内偵し、嫌疑濃厚とあれば強制調査を行います。
査察を行う査察官は、犯則事件を調査するため必要ある場合、国税犯則取締法にもとづき裁判所の許可を得て臨検・捜索・差し押えを行うことができます。
逮捕権はなく、相手の抵抗等があっても身柄拘束はできませんが、警察官の応援を求める事ができます。
強制調査の結果犯則の事実が明らかになったり、あるいは犯則嫌疑者に逃亡や証拠隠滅の恐れがある時は、検察へ告発します。
起訴まで持って行けば、あとは司法の場で裁かれます。 

査察調査は脱税者を受けると「一罰百戒」の意味も含め、脱税犯として刑事責任を問われる可能性が高くなります。

一般的に、調査部所管法人といえば資本金が１億円以上の法人とされていますが、これは財務省令の中にある『調査査察部等の所掌事務の範囲を定める省令』の中で、資本金額又は出資金額が１億円以上である法人等については原則として、各国税局の調査部が担当すると規定されていることを根拠とする（同省令①一）。 

その一方で、一定の法人については、資本金が１億円未満であっても所管が税務署から国税局調査部へ変更されることがあり、逆に資本金が１億円以上であっても国税局調査部から税務署へ所管が変更されることもあります。 

これらの所管の変更は、従前から、調査事務の効率化のために行われていますが、ここで気になるのが税務署所管となるか、調査部所管となるか否かはどのように判断されるのかということです。 

この点については、まず、その判断の際に使用する全国ベースの基準として、「所管指定の運用基準」というものがあります。この中では，資本金が1億円以下であっても調査部所管とする必要がある法人の具体例として、移転価格の実地調査等を要する法人、売上規模が大きく事業活動が全国展開している法人、上場企業等の子会社等、複雑な海外取引を行い売上規模も大きく税務署での対応が難しい法人、調査部所管連結グループの税務署所管法人などを上げています。

また、資本金が１億円以上であっても税務署で所管する必要がある具体例として、同族グループ法人、特定の地域に集中して同一業種を営む法人、取引先に税務署所管法人が大多数を占め活動地域が限定されている同族法人などを上げています。 

その他にも，各国税局管内の実情に応じて所管を変更することもあり、国税局によっては、資本金が１億円以上であっても売上規模が50億円程度を下回るような法人であれば、税務署所管法人とすることもあるようです。もっとも、所管の変更の最終的な判断は個別に行われるものであり、これらの判断基準はあくまでも"目安"の一つに過ぎないので留意されたい。