(１)　株主総会（取締役会）の決議の重要性
中小零細企業では従来株主総会等の決議は、登記申請時や役員給与変更時等、議事録が必要なときに形式的な書面のみを作るという企業も多かったのではないでしょうか。
しかし、会社法施行後の税務調査では、形式的な書面の確認にとどまらず、実際に株主総会が行われたかを外部の株主に確認するなど、実質面を重視する傾向が強くなってきました。
また、株主総会議事録の書面は整えたもの、株主総会が実施されていなかったことを理由に役員給与を否認する事例もでてきています。そのため、株主総会の実施に当たって外部株主がいる場合は召集通知書、委任状など会社法を踏まえた資料の作成が必要になるとともに、これらの書類の存在が株主総会を実施されたことの挙証資料にもなります。
(２)　法人税における役員給与の体系
まず、具体的な調査チェック項目について述べる前に、平成18年度税制改正に基づく法人税の条文では、役員給与はどのような構成で規定されているかでありますが、役員給与は原則として損金不算入と規定されています。
そして、例外的に損金に算入できるものとして法人税法で、①定期同額給与、②事前確定届出給与、③利益連動給与を規定しています。
また、法人税法施行令、法人税基本通達等で損金算入できるものを規定し、さらに役員給与に関する質疑応答事例においていくつかの事例を取り上げています。
(３)　定期同額給与の基本パターンと調査対策
定期同額給与を下図の①～⑤のパターンに分類して判断します。
【定期同額給与の基本パターン】

(１)　株主総会
会社法361条において、「取締役の報酬、賞与その他の職務執行の対価は株主総会の決議によって定める」とあり、事前確定届出給与も、株主総会、社員総会又はこれらに準ずるもので決議をする必要があります。 　重要なのは、株主総会が会社法の規定に則り正しく開催され、事実に基づいて議事録が作成され、その事実に基づいて事前確定届出給与に関する届出がされているかという点です。そこで、次の三点について注意してください。 

(２)　事前届出の提出期限
【 事　例 】

【 検　討 】

	①	原 則 職務執行期間に係る支給のすべてが定めどおりに行われなかったため、その支給額の全額である350万円が事前確定届出給与には該当せず、損金不算入となります。
	②	実際の取扱い 3月決算法人が当該事業年度（平成19年3月期）中は定めどおりに支給し、翌事業年度（平成20年3月期）において定めどおりに支給しなかった場合は、その支給しなかったことにより直前の事業年度（平成19年3月期）の課税所得に影響を与えるようなものではないことから、翌事業年度（平成20年3月期）に支給した給与の額のみについて損金不算入と取扱って差し支えない。
	③	明確になった点 原則は職務執行期間中に届出書どおりに支給されたかによって判定するが、職務執行期間中が事業年度を跨ぐ場合には、事業年度ごとに判定できる（下図参照）。

(1)　特殊支配同族会社の役員給与の損金不算入の要件
特殊支配同族会社が、業務主宰役員に支給する役員給与の額のうち、給与所得控除相当額については所得金額の計算上、損金の額に算入しない（以下「本規定」という。）。本規定については、基準所得金額が800万円以下である事業年度や基準期間における業務主宰役員給与額の年平均額が基準所得金額の50%相当額で、かつ基準所得金額が3,000万円以下である事業年度については適用が除外されます。（18年度　税制改正）
本規定が適用されるかどうかの仮説要件に影響を及ぼす主な項目は次のものであり、これらが、税務調査においても重要なチェックポイントになります。

(２)　特殊支配同族会社の該当要件
特殊支配同族会社の意義
本規定適用の大前提となる特殊支配同族会社とは、次の①、②のいずれも同族会社という。同族会社であることから、会社に該当しない公益法人や協同組合、医療法人などは本規定の対象になりません。
 

	①	業務主宰役員グループの持株割合等が、次のいずれかの場合に該当し、その同族会社を支配していること
		イ） 業務主宰役員グループが、発行済株式数等90％以上を有している場合 ロ） 業務主宰役員グループが、次のいずれかの重要事項に関する議決権について、議決権総数の90％以上を有している場合 ａ）法人の業務を主宰している役員（業務主宰役員） ｂ）役員の選任、解任に係る議決権 ｃ）役員報酬、賞与等に係る議決権 ｄ）剰余金の配当等に係る議決権 ハ） 業務主宰役員グループが、同族会社である合名会社、合資会社、合同会社の社員総数（業務執行社員を定めている場合は業務執行社員総数）の90％以上を有している場合
	②	業務主宰役員関連者の役員が常務に従事する役員の過半数を占めていること
		この場合の「業務主宰役員グループ」とは、次のものをいいます。   ａ） 事業譲渡、合併、分割等の組織再編に係る議決権   ｂ） 業務主宰役員の親族等のうち役員である者（業務主宰役員関連者のうち個人である者）   ｃ） 業務主宰役員及び業務主宰役員の親族等に支配されている同族会社   ｄ） 業務主宰役員の親族等のうち役員でない者   ｅ） 業務主宰役員及び業務主宰役員の親族等に支配されている同族会社なお、議決権割合の判定に当たって、特定の者と同一の内容の議決権を行使することに同意している者が有する議決権は、その特定の者が有するものとみなして判定します。

(３)　業務主宰役員、常務に従事する役員
本規定の適用要件の前提として業務主宰役員が誰であるかが、まず決定されなければならない。業務主宰役員が誰であるかは、業務主宰役員グループの範囲を定め、特殊支配同族会社の判定に連動していく重要事項である。業務主宰役員は、会社の経営に最も中心的に関わっている個人である役員１人をいうが、業務主宰役員が誰であるかの判定要素等は下表のようなものが考えられます。代表取締役でない者を業務主宰役員とする場合は、特にこの理由と実態に関する説明資料が必要であると考えられます。